Deficijencija karnitina je medicinsko stanje povezano sa niskim nivoom karnitina. Karnitin je metaboličko jedinjenje koje ima važnu ulogu u lancu biohemijskih reakcija u ćeliji. Nedostatak karnitina ima različite uzroke i zahteva brzo postavljanje dijagnoze i lečenje kako bi se izbegla pojava ozbiljnih komplikacija.