Kallmannov sindrom tip 3 (KS3) karakteriše udruženost urođenog hipogonadotropnog hipogonadizma i anosmije. Uzrokovan je mutacijom PROKR2 gena i obično se manifestuje izostankom razvoja seksualnih osobina u pubertetu i oštećenjem čula mirisa. Ostali simptomi su retki i nespecifični, mogu se sastojati od kifoze ili skolioze, prekomerne pokretljivosti zglobova i sinkinezije. Većina pacijenata sa KS3 dobro reaguje na hormonalnu terapiju, razvija normalne seksualne karakteristike i čak može imati decu.