Kongenitalni sindrom stečene imune deficijencije nastaje usled prenošenja HIV-a sa majke na dete u materici, tokom porođaja ili dojenja. U zavisnosti od različitih faktora, oko 5-50% dece rođene od HIV + majki je zaraženo. Dijagnoza se postavlja na osnovu kombinacije kliničkih i imunoloških kriterijuma, dok se momentalno započinjanje lečenja preporučuje za svu decu koja su izložena HIV-u tokom sazrevanja.